1206年春，铁木真召集贵族及诸那颜（官员）在斡难河（鄂嫩河）源举行“忽里勒台”（大会），建九脚白旄纛，即大汗位，号“成吉思汗”。敬献这个汗号的是晃豁坛人阔阔出。阔阔出，蒙古人称他为"帖卜·腾格里"（通天使者）。他平日常说：“神在和我谈话，我在天上巡游”。他对铁木真说：“神命你为普世的君主”。“忽里勒台”之日，他对铁木真说：“如今，被称为古儿汗的这个地域上的君主，已被你一手征服，你已取得了他们的领地，你可以像他们那样地，采用一个同样意义的尊号：成吉思。”阔阔出加重语气，继续说道：“神降旨曰：你的名字必须如此”（拉施特《史集》卷1第1册）。蒙古语“成吉思”乃“浩大强盛者”也，“成吉思汗”义同 “古儿汗”，皆有“伟大至上的君主”之意。

成吉思汗建立的国家称为“伊克·蒙高勒·兀鲁思”，即大蒙古国，俗称“蒙古汗国”。从此，蒙古高原及其相邻地区群雄林立、互相争伐的局面得以结束，近百个大小不一各有名号的诸部都统一在大蒙古国的旌纛之下，按照统一的法律和军事行政机构组合起来。

这样，蒙古也由一个部落（群）的称谓变成蒙古高原各部落的总称，形成了统一的蒙古民族共同体（蒙古一词本意为“永恒的火焰”）。

成吉思汗建立了从中央到地方的一整套政权组织机构。其中，十进制军政管理体制，即什户、百户、千户和万户制，效用颇高。汗国的最高行政长官为“札鲁忽赤” (也写作“达鲁花赤”，即大断事官)，掌管民户分配和诉公司法等，拥有至高权力。成吉思汗委任其义弟史吉忽图忽为“札鲁忽赤”；委任忽必来为最高军事长官（军事那颜）。

在蒙古汗国，成吉思汗的黄金家族，尤其是他的诸子均占有重要地位。他的四个儿子术赤、察合台、窝阔台、托雷是“汗国宫廷的四根栋梁”。长子术赤掌管狩猎；次子察合台掌管《札撒》即法律，既管审判，又管对犯法者的惩处；三子窝阔台治理朝政；幼子托雷负责军队的组织和指挥及兵马的装备。

成吉思汗将萨满教定为国教，委任兀孙老人为掌管宗教的“别契”。别契那颜兼管天文、挑选吉祥年月等事务，享有很高地位。他“骑白马，着白衣，坐在众人上面”（《蒙古秘史》）。

在成吉思汗建国初期，没有固定的都域。 1220年确定哈拉和林（今蒙古国后杭爱省额尔德尼召北）作为首都，但因战争爆发，没有兴建成功。成吉思汗的斡尔朵（行宫）仍分居四处：第一斡尔朵设在克鲁伦河之库迭额·阿剌勒，亦称大斡尔朵，是汗国的政治中心；第二斡尔朵设在撒阿里客额儿；第三斡尔朵设在土拉河黑森林；第四斡尔朵设在色楞格河支流伊德尔河。

在有关地方设置方面，打乱原有的氏族或部落组织，按地域划分为左、右两个万户。左翼万户的管辖地直到大兴安岭的东部地区，以木华黎为万户长。右翼万户的管辖地直到阿尔泰山西麓，以孛斡尔楚为万户长。万户之下，以十进制的组织，分千户、百户、什户。成吉思汗直接统治的地区共有 95个千户，委派他的开国功臣为千户长。千户多数是由不同部落的门户混合编组起来的，其中也有一小部分是由同族门户组成。如成吉思汗的姻亲弘吉剌特部的按陈、亦乞烈思部的孛图、汪古部的阿剌兀思特吉忽里，都依旧“统其国族”；有的部落百姓因战争而失散各处，其首领归附成吉思汗后战功卓著者，准许他们把散亡各处的本氏族成员重新召集起来，组成千户。除此，成吉思汗还分配给母亲和幼弟斡赤斤1万户，长子术赤9千户，次子察合台8千户，三子窝阔台和幼子托雷各5千户，弟合撒儿4千户，侄儿阿勒赤台(合赤温之子)2千户，称为“忽必”(领地)。在授予“忽必”的同时，还委派了诸多那颜。

1207年占领“林木中百姓”后，成吉思汗又封巴阿邻部的豁儿赤为万户长。该万户由巴阿邻、阿答儿乞、赤那思、脱斡列思、帖良古特诸部组成。因斡亦剌特部的忽图合别乞自愿归附成吉思汗，故而允许他统辖本部4千户，那颜可以自置。各千户的户数并不完全为整数，它是以战时提供千名战士为条件组织的。各千户有按地域划分的一定地段，其百姓在指定的牧场范围内游牧。十进制的组织，带有军事组织的性质，军队以千户为单位征调，千户长即是军事统帅，又是地方行政长官。15岁到70岁的男性都要在本管千户内“著籍应役”，故此各千户编制内的民户不得随意变动。成吉思汗制定的《札撒》规定：“人们只能留在指定的百户、千户或十户内，不得转移到另一单位去，也不得到别的地方寻求庇护。违反此令，迁移者要当着军士被处死，收容者也要受惩罚”（志费尼《世界征服者史》）。因此，“没有人能够随意改换他的长官或首领，别的长官也不能引诱他离开。”另据拉施特《史集》记载，成吉思汗要求百姓和各级那颜“〔在平时〕应像牛犊般地驯顺，战时投入战斗应像扑向野禽的饿鹰”。那颜们不仅必须效忠于成吉思汗，而且要严格遵守《札撒》（法典），“十夫长不能统率其十人队作战者，将连同其妻子、儿女一并定罪，然后从其十人队中另择一人任十夫长，对待百夫长、千夫长、万夫长们也这样!”

成吉思汗建立蒙古汗国之前，蒙古没有成文的法规，人们遵行的只是传统惯法。汗国建立后，制定了具体的法律条款，称为《大札撒格》（汉译作《成吉思汗法典》、《成吉思汗大法》）。

 “札撒格”，意即“军令”、“法度”。 1202年征讨塔塔尔时，成吉思汗首次颁布《札撒格》。次年，消灭克烈亦特部后，成吉思汗召集“忽里勒台”又订立了比较完善的《札撒格》，并在1206年召开的“忽里勒台”（类似代表大会）上通过，蒙古第一部成文大法由此形成。1211年和1219年召开的两次“忽里勒台”，分别通过了成吉思汗补充规定的《札撒格》。据《世界征服者史》说，成吉思汗制定的《札撒格》都用畏吾儿文字记录下来，保留在斡尔朵里。诸宗王、大臣每当举行"忽里勒台"或处理重大问题时，均需首先查阅《札撒格》。

成吉思汗经历过干戈纷扰的时代，他知道用《札撒格》来整顿社会秩序的重要性。他说：“凡是一个民族，子不遵父教，弟不聆兄言，夫不信妻贞，妻不顺夫意，公公不赞许儿媳，儿媳不尊敬公公，长者不保护幼者，幼者不接受长者的教训，大人物信用仆从而疏远周围亲信以外的人，富有者不救济国内人民，轻视条例和法规，不通情达理，以致成为当国者之敌。这样的民族，窃贼、撒谎者、敌人和各类骗子将遮住他们营地上的太阳……”（《史集》卷 1）。因此，成吉思汗要求各级那颜必须自觉遵守《札撒格》。

成吉思汗制定的《大札撒》原文，今已失传。据《蒙古秘史》、《世界征服者史》及《史集》等记载，《大札撒格》包括选举、财政、商业、赋税、外交、刑事诉讼、财产继承等基本条文。除《大札撒格》外，还有成吉思汗的训言也被记录下来，称为“必里克” (箴言)。成吉思汗的训言，如同《大札撒格》一样，诸宗王、那颜必须严格遵守，因为其中规定了万户长、千户长、百户长，每年年初和年终前来聆听训言的制度。

1204年，铁木真在征服乃蛮过程中，俘虏了太阳汗的掌印官、畏吾儿人塔塔统阿。铁木真让塔塔统阿借用畏吾儿文（回鹘文）字母，拼写蒙古语，创造了蒙古文字。蒙古汗国建立后，畏吾儿蒙古文成为全蒙古（包括四大汗国）的通用文字。

1206年，成吉思汗将在两年前组建的“切薛兵”(侍卫军)由 150人扩大到万人编制，包括精选出来的1千名宿卫、8千名散班和1千名箭筒士。万名常备"切薛兵"，被称作中央万户 (大中军)，纳牙为万户长。

蒙古汗国的土地归国家所有，土地的最高支配权，属于大汗。全国的土地分为两种占有形式：一种是由成吉思汗直接管辖，其内分成95个千户，委派千户长统治。千户长平时管理所辖范围内的土地和人民，于每百户指定一牧场；战时负责指挥。另一种是分封给诸王姻亲的赏赐地。

分封给家族的土地称为“忽必”，分封给功臣的土地称为“莎余儿合勒”。“忽必”，意为“份额”，包括领地和百姓，因此，各位宗王的“忽必”又称作“兀鲁思”（国家）。合撒儿的“兀鲁思”在额尔古纳河、呼伦湖和海拉尔河一带；阿勒赤台的“兀鲁思”在蒙古的东部，始自哈剌沐涟 (潢河)河，止于女真海的长城边境；斡赤斤的“兀鲁思”在蒙古的东北角，与合撒儿的农土相邻；别勒古台的"兀鲁思"在斡难河、克鲁伦河中游一带，西边靠近成吉思汗的大斡尔朵，南与阿勒赤台的"兀鲁思"为邻。因四位宗王的"兀鲁思"均在汗国的东部，故称为“东道诸王”。他们对"兀鲁思"的世袭占有具有相对的独立性，宗王就是“兀鲁思”之汗。

在建立分封制初期，成吉思汗只赐予诸子“伊儿坚”(百姓)，对“兀鲁思”的界限没有明确规定，1219年成吉思汗西征时，对诸子说：“天下地面尽阔，教你们各守封国”。1225年西征回来后，决定授予诸子每人一个王国。其“兀鲁思”在汗国的西部，故称“西道诸王”。

关于西道诸王的“兀鲁思”（汗国），据志费尼《世界征服者史》载，成吉思汗把“从海押立和花剌子模地区，伸延到撒哈辛及不里阿耳的边境，向那个方面尽鞑靼马蹄所及之地”，赐予长子术赤。察合台受封地起自畏吾儿居住地，止于撒麻耳干 (今乌兹别克撒马尔罕)和不花剌，其居地在阿力麻里境内的忽牙思。窝阔台的都城原先在叶密立和霍博(今和布克赛尔)地区的斡尔朵；他登极后，把都城迁回介于契丹和畏吾儿地之间的本土，将领地赐给他的儿子贵由。托雷的领地与之邻近，位于帝国的中心。成吉思汗在把也儿的石河（今额尔齐斯河）和阿尔泰山一带的所有地区和兀鲁思以及四周的冬夏游牧地，都赐给其长子术赤汗管理时，还颁降了一道务必遵命奉行的诏书，命令术赤征服钦察草原诸地区附近的各国，并入其领地，斡尔朵设在也儿的石河地区；把阿尔泰山到质浑河(阿姆河)地区赐给了察合台；叶密立和忽巴黑(霍博)赐给窝阔台；幼子托雷因在成吉思汗身边，协理大汗“朝政”，国务与军机莫不监管。成吉思汗对其姻族也授予了特权。允许他们领有本部的百姓和军队，有任命千户长的权力；有的允许继续统治原有的牧地，有的则另赐封地。诸姻族成为半独立性的藩部，但不能各自成立兀鲁思，其封地属大汗直接管辖，其军队也作为大汗直属部队的组成部分。